环境离线安装¶

由于我们的服务器是离线的，所以安装环境也将是在离线情况下安装，这里就要求我们熟悉pip,conda的离线安装方法。

我们首先安装conda环境，在这里我已经预先下载好了miniconda的包位于/mnt/data/analysis/downloads/./Miniconda3-py38_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh下，我们输入

bash /mnt/data/analysis/downloads/./Miniconda3-py38_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh

一路enter确认安装即可，注意安装完后，我们需要刷新一下环境

source ~/.bashrc

1. pip离线安装¶

我们首先需要一台可以联网的linux服务器，要求系统最好是Ubuntu18.04, x86_64架构，这里推荐恒源云和矩池云。我们在可以联网的服务器上（这里我一般打开平台给的jupyter-lab实例，然后选择terminal免去登陆的烦恼）

然后我们使用pip download下载包的安装包

pip download Pyomic -d ./

例如Pyomic是我们要下载的包，-d指定了包的下载目录，./代表当前目录，然后会把这个包相关的所有依赖项一起下载下来，然后我们使用sftp或者网盘传输到服务器上，网盘使用教程here。

Note

我们建议文件传输好后，移动到/mnt/data/leihu目录下，leihu为你自己的用户名，因为/mnt/data目录有15TB

pip install --no-index --find-links='/mnt/data/analysis/downloads' /mnt/data/leihu/Pyomic-1.1.7-py3-none-any.whl

其中--find-links参数代表依赖项的安装目录，我提前准备了大量依赖项在/mnt/data/analysis/downloads下避免你们重复上传下载，但是如果你们要装新的包，可能还是得自己上传下载。

/mnt/data/leihu/Pyomic-1.1.7-py3-none-any.whl代表我们这次要装的包文件，通常是有.whl结尾的，但也不排除.tar.gz结尾。

Conda的离线安装比较简单，但是也比较烦，因为conda作为包管理工具，其实离线安装能力是比较弱的，并不能自动安装依赖，也可能是我不知道。所以如果不是这个包只能从conda安装，我还是建议用pip安装。

conda install --use-local /home/leihu/SEQ/gffcompare-0.12.6-h9f5acd7_0.tar.bz2

--use-local参数就是你的包的路径/home/leihu/SEQ/gffcompare-0.12.6-h9f5acd7_0.tar.bz2

conda的包下载我一般会在anaconda.org上搜索下载：https://anaconda.org/conda-forge/conda，然后选择适合linux以及x86_64架构的包进行下载。

我们可以使用Conda-pack，将其他服务器上已经配好的环境迁移过来，具体教程见知乎here