RNA-seq分析: 环境配置

对于RNA-seq相关的分析，一共分为python跟R两部分。

我们这里处理的是counts矩阵，count矩阵简单来说，可以理解成横坐标为基因，纵坐标为样本的矩阵，如下表所示

我们的目的，就是挖掘这个矩阵中可能包含的信息，各种生物学意义的东西。

1. Python部分

对于python部分，在前面分析时所安装的Anaconda，理论上就足够完成全部分析了，但是我们仍有一些包需要安装，比如基因id转换，看到ENSG可能你也不知道这是一个什么东西吧。

#安装mygene
pip install mygene

对于R语言部分，实际上仅DESeq2这个包是需要的，所以我们就安装这个包就好了

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("DESeq2")